区别一：额度
公积金贷款额度取决于本人公积金帐户中的额度，上海职工的公积金住房贷款只能贷到公积金余额的40倍，且最多只能贷人民币20万元整，如有补充公积金则可以贷到30万元整，即公积金贷款额度为公积金账户余额的40倍且不超过人民币30万元整且不能超过总房价70%；而商业贷款仅有总房价70%的限额，没有总额的限制。
区别二：资格
用公积金贷款必须有按月交纳公积金，且累计连续缴存不少于六个月，即最近六个月的公积金缴纳不曾中断才有资格申请，而商业贷款无缴纳公积金的要求，只要贷款人符合相关贷款条件即可。
区别三：评估
商业贷款需要办理房产评估和保险，纯公积金贷款只须办理担保，贷款成数高的才要评估。
区别四：用途
商业贷款可用于住宅房和非居住房屋，但公积金贷款只能用于个人购买住房。
区别五：限制
商业贷款夫妻双方可以分别申请，而申请公积金贷款时虽然可以以一个名义申请，但夫妻之间的公积金是捆绑的，即一方申请了公积金贷款，即使贷款时没有使用配偶的公积金，而另一方也不再能使用自己的公积金重新贷款或提取。
通过办理商业贷款的方式购买房屋可以多次使用，即可以在未还清原商业贷款的情况下再次办理购房商业贷款，而公积金贷款在未还清公积金贷款的本息前，不能再次办理个人公积金贷款。
区别六：年限
申请公积金贷款须满足此条件：男主贷人年龄和贷款年限 之和小于等于65岁，女主贷人年龄和贷款年限之和小于等于60岁，而申请商业贷款主贷人年龄和贷款年限之和小于等于70岁。
注：凡是办理过购房贷款手续，不论是商业贷款还是公积金贷款都可以申请办理公积金冲还贷手续，以充本金或充本息的方式，用自己的公积金账户里的储存余额来冲抵贷款，其中充本金是指用自己的公积金余额充抵贷款的本金额，能马上降低借款额度，从而减少贷款利息的支出；充本息是用公积金余额充抵贷款人每月的还款额，包括本金和利息。
